Kvalitu vody v Seine budú hygienici aj naďalej sledovať. Ak by obsah enterokokov a baktérií E.coli v rieke prekročil povolenú hranicu, usporiadatelia olympijských hier majú pripravené náhradné riešenie. Diaľkoví plavci by mohli súťažiť vo Vaires-sur-Marne neďaleko Paríža, kde sa uskutočnia veslárske a kanoistické súťaže. V triatlone v extrémnom prípade pravidlá umožňujú súťažiť v duatlone, teda bez plaveckej časti.
Situáciu s kvalitou vody v Seine dlhodobo zhoršujú pretrvávajúce
dažde, pretože dažďová voda preniká do kanalizačného systému a spôsobuje
vyplavovanie fekálnych baktérií priamo do rieky. Hladiny Seiny zvýšili
aj záplavy rieky Yonne, ktorá sa do nej vlieva. Novovybudovaný rezervoár
s kapacitou 50-tisíc kubických metrov na uskladnenie nadbytočnej
dažďovej vody prvýkrát použili 18. a 19. júna, čím zabránil vyliatiu
40-tisíc kubických metrov odpadovej vody do Seiny.